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Bio-informatique pratique

BioSystems (NCBI)

BioSystems

BioSystems donne de l'information sur les interactions entre molécules au moyen de diagrammes. Il peut s’agir de sentiers biologiques (gènes, protéines, petites molécules…) ou de maladies (gènes, biomarqueurs, médicaments…).

Les données intégrées proviennent des bases KEGG, PID, BioCyc et Reactome et offrent des liens vers PubMed, Protein, Entrez Gene et PubChem (substrats, siRNA, petites molécules). Guide d'utilisation

Voici un exemple d'un biosystème associé à la superoxyde dismutase à Cu et Zn (SOD1):

§Information sur les interactions entre molécules (diagrammes). Il peut s’agir:
D’un sentier biologique (gènes, protéines, petites molécules…)
D’une maladie (gènes, biomarqueurs, médicaments…)
§Intégration de données provenant des bases KEGG, PID, BioCyc et Reactome; plus de 135 000 notices.
§Permet également d’identifier des biosystèmes apparentés entre eux.
§Liens vers PubMed, Protein, Entrez Gene et PubChem (substrats, siRNA, petites molécules).

GeneMANIA (U. de Toronto)

Découvrez les relations entre protéines en soumettant une liste de gènes à GeneMANIA. L'outil vous présentera les résultats sous forme de diagramme interactif, en plus de suggérer des interactions avec d'autres protéines. Voir le tutoriel chez OpenHelix.

Voici le résultat pour le gène SOD1 chez l'humain:

Autres outils de recherche d'interactions entre protéines

Suggestions de lecture

Voir tous nos livres sur les systèmes biologiques

Introduction to biological networks
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Introduction to Systems Biology
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Metabolomics: A Powerful Tool in Systems Biology
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Bio-informatique translationnelle

La revue PLOS Computational Biology a produit un recueil d'articles de référence recensant les défis de l'intégration de la quantité croissante de données cliniques et moléculaires. On y aborde par exemple la pharmacogénomique, l'analyse du microbiome humain et la génomique du cancer.

Trouver des sentiers biologiques

PathCards est une ressource intégrée de sentiers biologiques provenant de 12 sources différentes. Utile pour identifier un sentier en particulier.

Besoin de plus d'info? Pathguide est un répertoire de plus de 300 ressources de sentiers biologiques et d'interactions moléculaires. Vous y trouverez sûrement des sources d'images, de schémas et de diagrammes pour votre sujet d'études.

Trouver des liens entre vos données avec FLink

FLink est un outil du NCBI qui permet de découvir des associations entre des données provenant des bases BioSystems, Conserved Domains Database, Gene, Protein, PubMed, PubChem et Structure. Les résultats se présentent sous la forme d'une liste exportable, triée par pertinence. Vous pouvez:

Cytoscape

Cytoscape est une plateforme logicielle en accès libre qui permet de visualiser des réseaux d'interactions moléculaires et des systèmes biologiques tout en intégrant des annotations, des profils d'expression ou autres données. Guides d'utilisation

Source de l'image: Cytoscape

Ontologies

Une ontologie rassemble les termes et les concepts d'un domaine de la connaissance tout en établissant des relations taxinomiques et sémantiques.

Le site BioPortal répertorie plus de trois cents ontologies en sciences biomédicales. Par exemple, le NCBI utilise la Gene Ontology pour standardiser la représentation des gènes et protéines dans ses bases de données.

Dernière mise à jour : 06.07.2017 | Mot(s)-clé(s) : sciences de la santé recherche fondamentale santé bio-informatique Informatique