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Bio-informatique pratique

Visualisation de protéines en 3D

Conserved Domains Database (NCBI)

La base Conserved Domains est une collection d’alignements de séquences multiples de protéines. Elle contient des domaines de protéines analysés et annotés par le NCBI, en ayant recours à des modèles en 3D (télécharger le logiciel gratuit Cn3D). CDD permet d’établir des relations entre la séquence, la structure et la fonction des protéines. Guide d'utilisation

Site actif de la superoxyde dismutase à Cu et Zn

Source de l'image: Conserved Domains Database

Modélisation moléculaire

  • MoDEL (IRB) contient des vidéos de simulations dynamiques pour plus de 1700 protéines; la visualisation de ces molécules en mouvement permet un design plus efficace de médicaments.
  • Swissdock (SIB) permet de prédire les interactions entre une protéine et une petite molécule.
  • Click2Drugs (SIB) est un répertoire d'outils de design in silico de médicaments.

Tutoriels

  • StarBiogene (MIT)
    Cet ensemble de logiciels d'analyse de données générées par des puces à ADN permet de comparer l'expression de nombreux gènes dans des échantillons biologiques variés. Voir les instructions

Suggestions de lecture

Voir tous nos livres sur la protéomique

How Proteins Work
Aperçu dans Google livres
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Molecular Modelling : Principles and Applications
Aperçu dans Google livres
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Proteomics : a Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual
Aperçu dans Google livres
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Portail ExPASy (Swiss Institute of Bioinformatics)

ExPASy est un portail regroupant tous les outils d'analyse et bases de données développés par le SIB. Il inclut entre autres:

  • PROSITE, qui répertorie les domaines, familles et sites fonctionnels des protéines;
  • Swiss2DPAGE, base de données d'électrophorèse en 2D;
  • STRING, qui recense les interactions protéines-protéines;

Trouver des données brutes d'expression

ArrayExpress (EMBL-EBI)

ArrayExpress est un dépôt public de données de génomique fonctionelle. L'ArrayExpress Atlas, qui contient un sous-ensemble annoté des données archivées, permet d'explorer dans quelles conditions un gène est exprimé, ou encore quels gènes sont exprimés dans une condition particulière, tissu, type de cellule, etc. Tutoriel

Unigene et Gene Expression Omnibus (NCBI)

Unigene regroupe tous les ARNm et ESTs associés à un gène ou pseudogène. De là, on peut passer à la base GEO, qui permet également de télécharger des données brutes (voir une vidéo). Dans Unigene, on peut cliquer sur le lien EST profile pour voir un sommaire de l'expression rapportée dans différents tissus ou conditions.

Analyse de profils d'expression avec GenePattern

GenePattern est une plateforme d'analyse génomique donnant accès à plus de 125 outils pour l'analyse d'expression de gènes et la protéomique. Voir les vidéos ainsi que le tutoriel qui vous permettra de vous familiariser avec les outils.

Carte d'expression - Clic pour agrandir

Source de l'image: GenePattern

Dernière mise à jour : 06.07.2017 | Mot(s)-clé(s) : sciences de la santé recherche fondamentale santé bio-informatique Informatique