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Bio-informatique pratique

Design expérimental: les pièges à éviter

Le chercheur d'or

L'article A Field Guide to Genomics Research vous présente de façon ludique 6 personnages qui pourraient compromettre la recherche en génomique. Illustration: Dan Madsen.

Variations

dbVar (NCBI)

dbVar contient des données collaboratives de variations structurelles de l'ADN (inversions, translocations, insertions et délétions). Navigation par organisme ou maladie, ou recherche en appliquant des limites comme la méthodologie employée ou le type d'allèle. Exemple: variations répertoriées pour l'autisme. Guide d'utilisation

Sites Web à découvrir

  • Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)
    Interprétation du génome humain afin de comprendre la biologie humaine et améliorer la santé.
  • Public Population Project in Genomics (P³G)
    Ce consortium international (dont fait partie Cart@gene) donne accès à l'expertise, à des ressources, à des outils et à de l'information actuelle en génétique des populations. Il encourage la collaboration entre chercheurs et dépositaires de données.

Métagénomique

Le portail EBI metagenomics propose des outils d'analyse et un dépôt de données provenant des génomes retrouvés dans des environnements particuliers, comme par exemple des insectes sur un pare-brise ou les microbes d'un glacier.

Metagenomics : Methods and Protocols
Aperçu dans Google livres
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Metagenomics of the Human Body
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Suggestions de lecture

Voir tous nos livres sur la génomique

Precision Medicine : a Guide to Genomics in Clinical Practice
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Epigenetics
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Handbook on Analyzing Human Genetic Data
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Genomics: Essential Methods
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Navigateurs spécialisés

Genome Workbench (NCBI)

Le Genome Workbench est une application intégrée (à télécharger) qui permet de visualiser et d'analyser des données de séquences publiques et expérimentales. Voir les tutoriels et des vidéos sur YouTube.

Genome Workbench - Clic pour agrandir

Assemblage de génomes

La base Assembly (NCBI) répertorie les principaux projets d'assemblage de séquences d'organismes; possibilité de télécharger les données. Les modalités d'assemblage de génomes sont également présentées.

Comparaison de génomes avec VISTA

VISTA est un ensemble de programmes et de bases de données qui permet l'analyse comparative de séquences génomiques. Vous pouvez soumettre vos propres séquences et alignements, ou examiner des alignements génomiques précalculés pour différentes espèces.

Autre ressource de comparaison de génomes apparentés à explorer: Mugsy (voir la description dans Bioinformatics)

Graphique avec VISTA - Clic pour agrandir

Divers aspects du génome du maïs, illustrés avec VISTA. Figure tirée de Schnable, P., et al. (2009). The B73 Maize Genome: Complexity, Diversity, and Dynamics. Science, 326 (5956), 1112-1115.

Trouver des clones, des banques génomiques ou des données ouvertes

  • Les projets de séquençage de génomes mettent du matériel à votre disposition, repérable dans la base de données CloneDB (NCBI). Recherche par organisme, type de vecteur ou distributeur. L'outil Clone finder fait correspondre les clones de ces banques à des régions sur le génome assemblé.
  • GenomeSpace recense des sources de données, permettant un large spectre d'analyses génomiques. Vous pouvez aussi stocker vos fichiers de données dans le nuage d'Amazon et utiliser des applications d'analyse ou de visualisation des données.

Bases de données par organisme

Dernière mise à jour : 06.07.2017 | Mot(s)-clé(s) : sciences de la santé recherche fondamentale santé bio-informatique Informatique