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Bio-informatique pratique

Bases de données spécialisées en oncologie

  • Atlas of Cancer Signalling Networks (Institut Curie)
    "Carte mondiale" géographique  et interactive des interactions moléculaires impliquées dans le cancer. Réseau de 4600 réactions couvrant 1821 protéines et 564 gènes, et connectant plusieurs processus cellulaires importants.
  • CancerMA (Bangor University)
    Pipeline bio-informatique intégré pour l'identification de nouveaux marqueurs/cibles pour le cancer. Méta-analyse de profils d'expression provenant de 80 ensembles de données couvrant 13 types de cancers.
  • Cancer Genome Anatomy Project - CGAP (National Cancer Institute)
    Le but de ce projet est de déterminer les profils d'expression génétique de cellules normales, pré-cancéreuses et cancéreuses, afin de pouvoir éventuellement améliorer la détection, le diagnostic et le traitement du cancer. Contient de l'information catégorisée selon les gènes impliqués, les tissus, les sentiers métaboliques, les ARN interférents, les chromosomes et l'expression génétique.
  • canSAR (Institute of Cancer Research)
    Base de données intégrée regroupant des données biologiques, chimiques et pharmacologiques en appui à la recherche translationnelle.
  • Cancer Cell Line Encyclopedia (Broad Institue - Novartis)
    Compilation de données provenant de 947 lignées cellulaires de cancers humains: expression génique, nombre de copies de chromosomes et séquences. Voir l'article paru dans Nature.
  • The Cancer Genome Atlas - TCGA (National Cancer Institute)
    Exploration systématique des changements génétiques impliqués dans plus de 20 types de cancers chez l'humain. Le portail contient des données (information clinique, caractérisation génomique et analyse des séquences associées aux tumeurs) et des outils intégrés d'analyse. Les données sont téléchargeables via le Cancer Genomics Hub.
  • International Cancer Genome Consortium
    L'ICGC coordonne et rend accessibles une quantité astronomique de données provenant de projets internationaux de caractérisation de tumeurs (génome, transcriptome et épigénome). Plus de 50 types différents de cancers (ainsi que des échantillons contrôle) sont représentés. Accéder aux données (voir également les conditions d'utilisation).
  • Pour une liste de bases de données répertoriant les mutations associées à divers types de cancers, consultez le tableau 2 de l'article de Küntzer et al., Human variation databases (Database 2010).
  • IntOGen (University Pompeu Fabra)
    Cette ressource intègre des données multidimensionnelles pour l'identification de gènes et de modules biologiques impliqués dans le développement du cancer.
  • Cancer Gene Census (Wellcome Trust Sanger Institute)
    Répertorie tous les gènes ayant une implication dans le cancer. D'autres ressources son également disponibles sur le site du Cancer Genome Project.
  • My Cancer Genome (Vanderbilt-Ingram Cancer Center)
    Outil de décision à l'intention des patients et des praticiens. Donne de l'information sur les mutations impliquées, les traitements à envisager et les essais cliniques pertinents.
  • Network of Cancer Genes (Bioinformatics and Evolutionary Genomics of Cancer)
    Rapporte les données suivantes pour 2000 gènes impliqués dans le cancer: duplicabilité, origine évolutive, expression, annotation fonctionnelle, expression, et réseau d'interactions avec d'autres protéines humaines et microsARNs.
  • The Cancer Imaging Archive (TCIA)
    Dépôt important de données d'imagerie du cancer organisées par maladie, type d'image (IRM,CT) ou axe de recherche. Les métadonnées peuvent inclure le traitement, la génomique et la pathologie.

Outils de visualisation de données oncogénomiques

De nombreux portails et outils permettent de visualiser plusieurs dimensions de données oncogénomiques, par exemple les gènes, mutations, données d'expression et de méthylation associées à une tumeur.

Dernière mise à jour : 06.07.2017 | Mot(s)-clé(s) : sciences de la santé recherche fondamentale santé bio-informatique Informatique