MEDLINE

À propos de ce guide

Guide d'utilisation de la base de données en sciences biomédicales MEDLINE

MEDLINE : comprendre le concept Explode


Ce tutoriel explique la fonction Explode qui est utilisée lors de la recherche avec des termes MeSH (Medical Subject Heading). Cette fonction est expliquée dans le contexte de la base de données MEDLINE sur OvidSP.

PubMed vs MEDLINE

PubMed est la version gratuite de MEDLINE, une base de données bibliographiques en sciences biomédicales dont la couverture débute en 1946 et qui contient plus de 25 millions de références.

En plus des articles indexés dans MEDLINE, PubMed contient aussi des références additionnelles, incluant les articles en accès libre de PubMed Central et les livres du NCBI Bookshelf.

Pour vous aider à déterminer quelle plateforme vous convient, voir la comparaison des interfaces Ovid MEDLINE et PubMed.

Guide Ovid

Pour une initiation aux fonctions d'interrogation, d'affichage et d'exportation des bases de données sur la plateforme Ovid, consultez le guide.

Description

Produite par la National Library of Medicine, MEDLINE est une base de données internationale en sciences de la santé et sciences biomédicales. A ce jour, plus de 5600 périodiques y sont indexés dans les domaines suivants : médecine, sciences infirmières, dentisterie, médecine vétérinaire, administration de la santé, sciences précliniques, bioéthique et histoire de la médecine.

Débutant en 1946, la base est divisée en segments chronologiques et est mise à jour hebdomadairement. Les segments MEDLINE In-Process & Other Non-Indexed Citations et MEDLINE Daily Update sont mis à jour quotidiennement.

Choix du segment de MEDLINE à interroger

MEDLINE est divisée en plusieurs segments chronologiques. Il est possible d'effectuer la recherche sur plus d'une tranche chronologique en cochant les cases correspondantes à l'écran « Select Resource(s) to search ». Nous recommandons d'utiliser le segment "All Ovid MEDLINE", qui combine la base indexée et à jour avec les notices en traitement. 

Recherche simultanée de MEDLINE et Embase

Il est possible sur OvidSP d'effectuer une recherche sur plus d'une base de données à la fois et ensuite d'éliminer les doublons du résultat obtenu. Cependant les thésaurus d'indexation de MEDLINE et Embase sont très différents:

  • les descripteurs n'ont pas toujours le même niveau de spécificité;
  • les arborescences (explode) et les qualificatifs (subheadings) sont souvent différents.

Lorsque vous cherchez avec des descripteurs, il est donc préférable de chercher les deux bases de données séparément. Si vous importez vos résultats dans un logiciel bibliographique tel qu'EndNote, vous pourrez alors y éliminer les doublons.

Couverture (périodiques inclus dans MEDLINE)

Plus de 5600 titres sont indexés dans MEDLINE, soit une fraction des treize à quatorze mille périodiques en sciences de la santé disponibles. Pour obtenir la liste, entrer la commande currentlyindexed[All] dans le catalogue de la NLM et cliquer sur Search.

Pour savoir si un périodique en particulier est indexé dans MEDLINE, faire une recherche par titre dans le catalogue de la NLM et vérifier son statut dans la notice.

Comparaison Embase et MEDLINE

Si vous comptez faire une recherche exhaustive de la littérature, vous ne devriez pas limiter vos recherches à une seule base de données d'articles. Voyez la comparaison entre MEDLINE et Embase, notamment concernant la couverture du domaine de la recherche sur les médicaments.

Quand utiliser la recherche en vocabulaire libre?

Il existe certaines situations où même après plusieurs essais, la recherche par MeSH ne donne pas les résultats escomptés. Cela peut survenir lorsque vous cherchez une notion trop récente pour avoir été incorporée dans les descripteurs, un sujet très pointu ou très technique, un terme commercial, etc.

Dans ces situations, il peut s'avérer préférable d'effectuer une recherche en vocabulaire libre, c'est-à-dire une recherche dans tous les champs des références bibliographiques (titre, titre original, résumé, etc.), ce que nous appelons aussi la recherche dans le texte ou par mots-clés. MEDLINE sur la plateforme OvidSP vous offre deux possibilités pour effectuer la recherche dans le texte.

La recherche simple en mode Basic Search

Cette solution rapide peut être intéressante. Malgré le peu de contrôle sur la recherche effectuée, les résultats peuvent être satisfaisants, grâce notamment au tri par pertinence. La recherche est effectuée dans les champs Title (titre) et Abstract (résumé) uniquement.

Recherche simple MEDLINE

Attention : Les résultats obtenus en mode Basic Search ne représentent pas toujours la totalité des références portant sur le sujet recherché. Pour plus d'exhaustivité, il est conseillé d'effectuer la recherche en mode avancé.

La recherche en vocabulaire libre en mode Advanced Search

Le mode recherche avancée permet un plus grand contrôle sur la recherche en vocabulaire libre. Plusieurs outils existent afin de peaufiner la recherche de manière à répondre le mieux possible à votre besoin d'information.

De plus, le nombre de résultats obtenus correspond davantage à la réalité, car il s'agit de la totalité des références ayant la ou les chaînes de caractères recherchées dans l'un ou l'autre des champs. Pour effectuer directement une recherche dans le texte vous devez décocher Map Term to Subject Heading dans la page principale :

vocabulaire libre

Exemples de sujets appropriés pour ce type de recherche

Outils de la recherche avancée

Recherche par expression exacte

La recherche par expression exacte s'applique par défaut lors de la recherche en mode avancé. La requête correspond donc à rechercher exactement la chaîne de caractères telle qu'elle est inscrite dans la boîte de recherche.

Exemple : relative risk (les deux mots collés) = 36420 résultats; relative AND risk (les deux mots n'importe où dans le texte) = 73065 résultats

Opérateurs booléens AND, OR, NOT, ADJn

Avantages et inconvénients de la recherche dans le texte

La recherche en vocabulaire libre permet de repérer tous les documents présents dans la base de données MEDLINE, notamment ceux regroupés dans le segment Ovid MEDLINE(R) In-Process & Other Non-Indexed Citations, contrairement à la recherche à l'aide des descripteurs MeSH qui s'applique uniquement aux documents indexés.

Il est toutefois important de penser à toutes les formes possibles d'un même mot lorsqu'on utilise la recherche en vocabulaire libre dans le texte. C'est d'ailleurs cette multitude de possibilités propre au vocabulaire libre qui a amené la création des vocabulaires contrôlés tels que les MeSH.

Limiter les résultats

Pour voir la totalité des limites disponibles, cliquer sur Additional Limits.

La limitation permet de sélectionner les articles selon certains critères : langues, années de publication, groupes d'âge, champs d'intérêt, etc.

Pour sélectionner plusieurs langues (ou groupes d'âge, etc.) dans le menu déroulant, on doit cliquer sur une première langue (ex. anglais), puis tout en maintenant la touche Ctrl enfoncée, cliquer sur un deuxième choix de langue (ex. français).

Limites particulières à MEDLINE

Que sont les MeSH?

Les MeSH (Medical Subjects Headings) sont les descripteurs utilisés par la National Library of Medicine (É.-U.) pour indexer les articles dans MEDLINE. Les descripteurs servent à décrire les sujets dont traite un article.

Étapes de la recherche avec les MeSH

  1. Il faut d'abord s'assurer que l'onglet Advanced Search est sélectionné.
  2. La fonction Mapping aide à chercher des descripteurs dans le thésaurus, un sujet à la fois, alors que l'option Scope nous permet d'obtenir le contexte d'utilisation d'un terme.
  3. Lorsqu'on cherche dans MEDLINE avec un terme MeSH, nous pouvons influencer le résultat de la recherche avec les options Explode, Focus et les Subheadings.
  4. Une fois nos MeSH sélectionnés, il suffit de les combiner pour repêcher des articles pertinents. On peu aussi appliquer des limites pour restreindre le nombre de résultats.

Mapping: trouver le bon MeSH

La fonction Mapping sert à obtenir des suggestions de descripteurs MeSH pour mieux cerner un sujet. Saisir un ou des mots dans la fenêtre de recherche, cocher (ou laisser cochée) la case mapping et cliquer sur le bouton Search.

Il est préférable de chercher un seul terme (mot ou expression) à la fois. Nous ne conseillons pas à cette étape de chercher directement une combinaison de termes avec « or » ou « and ».

Lorsque le terme cherché existe dans le thésaurus, l'écran Mapping présente alors une liste des descripteurs où ce terme apparaît. Choisir le descripteur approprié en le double-cliquant, puis passer à l'écran suivant.

Explode: étendre la recherche aux termes spécifiques

Une vidéo vous présente la fonction Explode.

Quand on applique l'option Explode à un descripteur, on cherche non seulement ce terme, mais aussi tous les termes plus précis présents dans le thésaurus. Pour obtenir l'affichage détaillé de l'arborescence du thésaurus (Tree), cliquez sur votre terme.

L'écran Tree situe le terme cherché dans l'arbre hiérarchique des MeSH, en nous proposant un niveau plus haut dans la hiérarchie (termes généraux) et un niveau plus bas (termes spécifiques).

Focus: restreindre aux articles pertinents

Vous pouvez aussi limiter votre recherche aux descripteurs qui sont le sujet principal d'un article en cochant la case Focus.

Pour la base de données MEDLINE, des indexeurs attribuent à chaque article 3 ou 4 MeSH principaux ou majeurs sur un nombre moyen de 10 à 12 MeSH. En choisissant le Focus, on obtient uniquement les articles très pertinents... mais certains bons articles peuvent être perdus.

Lorsque combiné à la fonction Explode comme dans l'exemple qui suit, le Focus sera appliqué au terme cherché ainsi qu'à tous les termes plus spécifiques :

 

Scope: définition d'un MeSH

Vous avez peut-être déjà remarqué l'icône Scope Note db info dans les écrans Mapping et Tree. Cette option permet d'obtenir le contexte d'utilisation d'un descripteur.

Subheadings: aspect particulier d'un sujet

Quand on choisit un MeSH, on obtient ensuite une liste de qualificatifs (affichés dans l'écran Subheadings), qui permettent de restreindre la recherche à un ou plusieurs aspects particuliers du sujet. Il existe un total de 83 qualificatifs mais la liste affichée varie selon le sujet. Il est possible de choisir certains qualificatifs ou de les inclure tous (c'est l'option par défaut).

Obtenir les articles

Le bouton Obtenir donne accès à la version électronique si disponible. Assurez-vous que le Proxy soit configuré sur votre navigateur si vous n'êtes pas sur le campus.

Bibliographie rapide et facile

Générez rapidement une bibliographie grâce au document suivant: Bibliographie en trois étapes via PubMed ou via OvidSP.

Affichage des résultats

Cliquez sur Display Results pour afficher les résultats.

L'affichage par défaut est le format Citation (Title, Author, Source) .

Gestion des résultats: impression, courriel, exportation, sauvegarde

Une fois vos notices sélectionnées, en cochant la case à gauche de chacune ou en spécifiant un ensemble de références (Select Range), choisissez l'une des options de la barre de gestion des résultats.

Ovid gestion des résultats

Sauvegarde de la stratégie de recherche

  • Quatre types de sauvegarde sont offerts (nécessitent l’ouverture d’un compte) :
    • Temporaire (24 heures);
    • Permanente;
    • AutoAlert (SDI) : cette option permet de sauvegarder une stratégie de recherche de façon à recevoir automatiquement les résultats par courrier électronique à chaque mise à jour des bases de données ou à une fréquence déterminée (voir la procédure à suivre);
    • Ajout à l’espace personnel My Projects.

Ouverture d'un compte sur Ovid

Un compte personnel sur Ovid vous permet entre autres de gérer vos références, de sauvegarder vos stratégies de recherche et de mettre en place des alertes documentaires.

Stratégies pour optimiser les résultats dans MEDLINE

Que faire lorsque votre recherche dans MEDLINE vous donne des centaines de références alors que vous n'en auriez besoin que de quelques-unes ou, pire encore, lorsque vous obtenez aucun ou peu de résultats?

Voici quelques exemples vous offrant des pistes pour modifier vos stratégies de recherche lorsque vous utilisez les descripteurs MeSH et les options qui y sont liées dans vos recherches. Dans ces exemples, la recherche est limitée aux années 1950-1995.

Aucune ou pas assez de références

BUT: Trouver des données épidémiologiques sur le cancer du sein au Canada.

Stratégie de recherche

PROBLÈME : AUCUNE OU PAS ASSEZ DE RÉFÉRENCES.

INDICE : Regardez le Scope Note des sujets.

Résultats trop généraux

BUT: Déterminer si la consommation d'ail peut aider à prévenir certains cancers.

Stratégie de recherche initiale

PROBLÈME : Les 9 références obtenues traitent du cancer en général, jamais d'un cancer spécifique.

SOLUTION : Il faut sélectionner l'option Explode pour le sujet Neoplasms afin d'inclure les termes plus spécifiques qui nous sont proposés à l'écran Tree.

Notre recherche dans MEDLINE est-elle exhaustive?

BUT : Faire une revue de la littérature sur l'usage thérapeutique de l'aloès.

Stratégie de recherche initiale

 

PROBLÈME : Avons-nous bien toutes les références sur le sujet dans MEDLINE?

INDICE : Lorsqu'une recherche donnant moins de références que ce que nous anticipions contient des éléments qui limitent le résultat (le focus, un ou des qualificatif(s), une ou des limite(s)), il faut enlever certains de ces éléments. De plus s'il y a des termes plus spécifiques, il faut les inclure à l'aide de l'option Explode.

Trop de références

BUT : Trouver des articles sur les médicaments utilisés pour traiter l'épilepsie.

Historique de recherche pour Épilepsie

PROBLÈME : TROP DE RÉFÉRENCES.

INDICE : Notre recherche est déjà restreinte aux articles principaux (focus *) et à un seul qualificatif (drug therapy). Pour réduire encore ce résultat il est possible :

Trop de références - autre approche

BUT : Trouver des articles sur la pneumonie chez le patient infecté par le VIH.

Exemple de recherche pour HIV Infections et Pneumonia

PROBLÈME : TROP DE RÉFÉRENCES.

INDICE : Aucune des options qui permettent de réduire le résultat n'a été utilisée. Il faut tout d'abord refaire cette recherche en ajoutant le focus (*). Si ce n'est pas suffisant il faudra considérer les possibilités suivantes :

En résumé...

Pour AUGMENTER le nombre de références
mettre le Explode (exp)
enlever le Focus (*)
enlever les qualificatifs (Subheadings)
enlever le sujet le moins important
enlever les limites
Pour DIMINUER le nombre de références
enlever le Explode (exp)
mettre le Focus (*)
ajouter des qualificatifs (Subheadings)
ajouter un autre sujet
ajouter des limites

MEDLINE sur votre cellulaire

  • La plateforme Ovid n'offre pas d'accès spécifique pour les mobiles. L'accès via un mobile se pratique par le site Web. N'oubliez pas de configurer votre proxy pour accéder aux ressources en tant qu'utilisateur de la communauté UdeM.
  • Le site Unbound Medline vous permet de consulter la base Medline sur votre cellulaire, et aussi de cibler des résultats en pratique factuelle. Vous pouvez également y télécharger l'application (iOS et Android). Attention cependant: l'accès aux articles via Proxy n'est pas toujours performant.

Pratique factuelle dans MEDLINE

La base de données MEDLINE offre différentes limites qui permettent de repérer un nombre supérieur d'articles cliniques de qualité qui répondent aux critères de sélection de la pratique factuelle. Après avoir effectué une recherche avec les termes MeSH, restreindre ensuite les résultats de la recherche avec les 3 types de limites suivants.