Pubmed

À propos de ce guide

Ce guide vous aidera à chercher des articles dans la base de données PubMed.

PubMed Central

PubMed Central (PMC) est un dépôt numérique en accès libre des articles en sciences biomédicales issus de la recherche subventionnée par les National Institutes of Health aux États-Unis (NIH). Certains éditeurs participent aussi volontairement à PMC en y déposant une partie ou l'ensemble des archives de leurs publications scientifiques.

PubMed Central Canada invite les chercheurs financés par les IRSC à diffuser leurs travaux de recherche au moyen du système de soumission de manuscrits de PMC Canada.

Consultez le guide Libre accès à la recherche pour plus d'information sur les dépôts numériques.

Comment configurer les filtres dans PubMed


Voyez comment ajouter des filtres de recherche personnalisés dans PubMed, à partir de votre compte MyNCBI.

PubMed vs MEDLINE

PubMed est la version gratuite de MEDLINE, une base de données bibliographiques en sciences biomédicales dont la couverture débute en 1946 et qui contient plus de 25 millions de références.

En plus des articles indexés dans MEDLINE, PubMed contient aussi des références additionnelles, incluant les articles en accès libre de PubMed Central et les livres du NCBI Bookshelf.

Pour vous aider à déterminer quelle plateforme vous convient, voir la comparaison des interfaces Ovid MEDLINE et PubMed.

Accès PubMed UdeM

PubMed NLMLes Bibliothèques des sciences de la santé ont mis en place un profil spécifique sur le site du NCBI. Notre profil contient bien sûr toutes les références de la base PubMed! Il propose:

  • L'affichage du bouton Obtenir, qui vous permet d'accéder aux articles via l'Assistant SFX;
  • Une sélection de filtres en pratique factuelle pour trier les résultats.  

Ajoutez le lien suivant à vos marque-pages, plutôt que d'utiliser l'adresse générique proposée par les moteurs de recherche: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=icaumtlib&myncbishare=umontreal&dr=citation.

Ouverture d'un compte MyNCBI

Votre compte MyNCBI vous permet entre autres de gérer vos références, de sauvegarder vos stratégies de recherche et de mettre en place des alertes documentaires. Voir une vidéo sur la personnalisation de My NCBI (en anglais).

Particularités de PubMed

PubMed Commons

Les auteurs de publications dans PubMed peuvent commenter les articles et ajouter des liens vers des compléments d'information.

Liste de périodiques en sciences biomédicales

La base de données Journals referenced in the NCBI databases est très utile pour connaître le nom complet d'un périodique à partir de son abréviation.

Activité de formation

Des activités de formation à PubMed sont proposées périodiquement à la Bibliothèque de la santé, consultez le calendrier.

Recherche par sujet sur PubMed

Initiation à la recherche par sujet avec mots-clés ou descripteurs MeSH. Merci d'évaluer cette vidéo.

Limiter les résultats - filtres UdeM

Après avoir fait une recherche, vous voyez apparaître un encadré à droite de la page, sous Filter your results. Il présente les filtres UdeM optimisés pour la recherche d'informations cliniques en pratique factuelle (EBP), incluant les résultats dans BMJ Clinical Evidence.

Limiter les résultats - filtres de base

  • On peut raffiner la recherche en utilisant les filtres de base qui apparaissent dans la colonne de gauche de la page des résultats de recherche. Voir une vidéo (en anglais).
  • On peut sélectionner plus d'un filtre à l'intérieur de chaque catégorie (types de publication, âges, langues, etc).
  • ATTENTION : les filtres s'appliqueront pour les recherches ultérieures. Il faut les désactiver en cochant le filtre désiré à nouveau, ou en sélectionnant Clear all pour repartir à zéro.

Limites

Recherche simple par sujet

Les termes entrés dans la boîte de recherche seront recherchés:

  1. Dans les mots du titre ou du résumé (Text Word);
  2. PubMed tentera aussi de faire une correspondance entre les termes de recherche et les descripteurs MeSH (Automatic term mapping).

 

Particularités de la recherche simple

Références récentes

La recherche simple permet de repérer les références qui ne sont pas encore indexées [PubMed - in process] et [PubMed - as supplied by publisher] puisque la recherche se fait avec les MeSH, s'il y a lieu, mais aussi avec les mots du titre et du résumé (Text Word).

Se servir des MeSH dans la recherche simple

  • Faire la recherche dans PubMed et afficher une référence pertinente à votre sujet en format Abstract, puis cliquer sur le menu Publication types, MeSH Terms, Substances, Grant Support.
  • Clic gauche sur le MeSH désiré (ex. Otitis Media/drug therapy*) et attendre que la fenêtre de liens s'ouvre.

Chercher un article particulier

Il existe différentes façons de retrouver un article particulier dans PubMed. Nous vous présentons ici deux manières d'y parvenir à l'aide des éléments connus de la référence bibliographique.

Recherche d'informations cliniques - Clinical Queries

Les Clinical Queries (dans les PubMed Tools de la page d'accueil) est un outil utilisant des filtres pour aider à repérer des publications pertinentes de haute qualité et ainsi préciser sa recherche. Les 3 filtres sont les Clinical Study Category qui utilisent une méthode de recherche par filtres établie par RB Haynes et ses collaborateurs (détails ici), les Systematic Reviews (revues systématiques) et les Medical Genetic Searches. La section Limiter les résultats - Filtres UdeM détaille les filtres configurés dans notre profil UdeM.

Combinaison des résultats avec la fonction History

  • Tous les énoncés de recherche sont affichés dans la section History dans le mode Advanced.
  • Ré-exécuter une recherche en cliquant sur le nombre sous la colonne « Items found ».
  • Ou combiner les énoncés: 1) en cliquant sur Add pour ajouter un énoncé au Search builder, ou 2) en cliquant sur le numéro désiré pour afficher une sélection d'opérateurs: AND, OR, NOT, etc. On peut supprimer des recherches ou les sauvegarder dans My NCBI pour se créer des alertes.
  • La fonction History est automatiquement perdue au bout de 8 heures d'inactivité.

Utilisation du MeSH Database

Pour un rappel des caractéristiques des MeSH, voir la section MEDLINE et les MeSH. Voir aussi: la vidéo (en anglais) et les Particularités sur les médicaments.

La recherche est la suivante : la résistance aux antibiotiques dans les cas d'otites.

  • Cliquer sur More Resources>MeSH Database dans la liste de liens utiles de droite sur la page d'accueil de PubMed. Ou encore, sélectionner MeSH dans le menu déroulant de la boîte Search.
  • Entrer un sujet à la fois (en anglais) dans la fenêtre d'interrogation. Par exemple, Inscrire antibiotic resistance et cliquer sur Go. Une liste de suggestions de termes s'affiche, qui peuvent être des termes MeSH (descripteurs, qualificatifs, types de publication) ou des synonymes (Entry Terms). Choisir le terme le plus approprié dans la liste de suggestions.

Particularités de la recherche avancée

  • Ce type de recherche ne repère que les références MEDLINE, c'est-à dire celles qui sont indexées avec les MeSH [PubMed - indexed for MEDLINE].
  • Permet d'élaborer la question de recherche avec des MeSH et de prendre connaissance du contexte d'utilisation d'un MeSH, des termes qui lui sont liés (termes spécifiques, termes génériques) et de préciser davantage la recherche.

Utilisation du PubMed Advanced Search Builder

Voir une vidéo (en anglais) pour une démonstration. Ce mode de recherche avancée permet d'utiliser les MeSH sans passer par le MeSH Database; il suppose donc que vous connaissez la portée des termes sélectionnés, puisque vous n'aurez pas accès à leur définition, ni à l'arborescence de la classification MeSH. C'est une option intéressante si vous travaillez en parallèle avec la traduction de l'Inserm!

Particularités en pharmacie

Comment combiner un médicament qui n'a pas de descripteur MeSH avec un qualificatif?

Quelle est la différence entre un MeSH et une action pharmacologique portant le même nom?

Consultez le guide!

Obtenir les articles

Le bouton Obtenir donne accès à la version électronique si disponible. Assurez-vous que le Proxy soit configuré sur votre navigateur si vous n'êtes pas sur le campus.

Affichage des résultats

Options de sauvegarde des résultats

Sauvegarde des résultats dans votre compte MyNCBI

La sauvegarde permanente requiert l'ouverture d'un compte MyNCBI. Voir la vidéo du NCBI (en anglais).

Exportation des références dans EndNote

Sauvegarde de la stratégie de recherche

La sauvegarde de la stratégie de recherche requiert l'ouverture d'un compte MyNCBI et permet la création d'alertes.

Bibliographie rapide et facile

Générez rapidement une bibliographie grâce au document suivant: Bibliographie en trois étapes via PubMed ou via OvidSP.

Impression des résultats

MEDLINE: comparaison des interfaces Ovid et PubMed

Les membres de la communauté universitaire de l'UdeM peuvent avoir accès à MEDLINE de deux façons : Ovid et PubMed. Voici les différences entre chacune de ces interfaces.

Ovid

PubMed

Accès

Accès fourni par le RUIS de l'Université de Montréal: Ovid

Donc gratuit à partir du campus et de chacun des établissements du réseau de la santé faisant partie du RUIS UdeM. Aussi par la passerelle Proxy.

Adresse pour accéder à PubMed avec des liens vers les collections de l'Université de Montréal et des filtres pré-configurés: PubMed

Contenu

Donne le choix entre une demi-douzaine de segments de MEDLINE : par années, articles en traitement (In-Process) ou non retenus publiés dans des revues indexées sélectivement.

Base de données unique comprenant : les articles indexés, ceux en traitement et ceux non retenus publiés dans des revues indexées sélectivement. Inclut aussi des références additionnelles à MEDLINE.
Autres bases Ovid offre une vingtaine d'autres bases. Possibilité de chercher dans plusieurs bases à la fois, et de ré-exécuter dans une deuxième base une question posée dans une première. De nombreuses bases de données sont disponibles sur le site du NCBI: Genbank, OMIM, PubChem, etc. Il est possible de chercher dans toutes les bases en même temps.
Mise à jour
  • MEDLINE In-Process mis à jour quotidiennement
  • MEDLINE Daily Update mis à jour quotidiennement
  • MEDLINE mis à jour chaque semaine
  • Délai minimum de 3 semaines entre la publication des articles et leur disponibilité dans MEDLINE
  • Suspension des mises à jour en décembre de chaque année pour une revision globale
  • Nouvelles références versées tous les jours, mais temporairement sans descripteurs
  • Délai minimum de 1 semaine entre la publication des articles et leur disponibilité
  • Lors de la révision annuelle, reprise des mises à jour plus rapide que sur Ovid
Recherche par mots libres (=mots-clés)

La recherche Basic Search permet d'inclure les related terms et il est possible de présenter les résultats selon un tri par pertinence.

Dans Advanced Search, on doit enlever le crochet devant Map Term to Subject Heading. Cherche automatiquement les expressions entières, ex.: case management

Fait dans une seule opération une recherche par mots-clés et par descripteurs MeSH. l'écran Search details indique comment la question a été traitée.
Recherche par descripteurs MeSH

Propose des descripteurs quand on a coché Map Term to Subject Heading. On choisit ensuite si on veut qu'ils soient sujet principal (Focus) et/ou qu'ils incluent les termes plus spécifiques (Explode).

On utilise le MeSH Database pour trouver des descripteurs. Les termes plus spécifiques (Explode) sont inclus automatiquement, l'option pour les sujets principaux (Restrict to MeSH Major Topic) peut être sélectionnée. Il est aussi possible de faire ce type de recherche sous l'option Advanced.
Combinaison d'énoncés Sur la page de recherche, en cochant les lignes à combiner et en choissisant l'opérateur voulu (ex.: 1 and 3) En mode Advanced (ex.: #1 AND #3)
Téléchargement Maximum de 500 références. Importation directe dans EndNote avec l'option Export.

Maximum de 200 références par courriel. Pas de maximum pour sauvegarder dans un fichier texte. Importation directe dans EndNote, mais il faut spécifier le filtre PubMed(NLM).

Conservation des recherches si débranché 15 minutes 8 heures
Caractéristiques uniques à chaque interface
  • Possibilité d'utiliser la même interface de recherche pour plusieurs bases de données pertinentes à notre sujet de recherche (ex. MEDLINE et Embase)
  • Il est beaucoup plus facile d'avoir des résultats très précis avec Ovid MEDLINE qu'avec PubMed car Ovid MEDLINE permet une utilisation simple des options de précision des résultats (focus, subheadings et la recherche uniquement avec des descripteurs)
  • La fonction Single Citation Matcher permet de retrouver facilement un article avec des renseignements incomplets.
  • Possibilité de créer des limites permanentes s'appliquant à toutes les recherches ultérieures (fonction My NCBI, Filters).
  • Recherche simultanée par descripteurs MeSH et en vocabulaire libre

À retenir

Ovid - point forts

  • La recherche par descripteurs MeSH est plus facile à utiliser. Celle-ci permet d'avoir un résultat de recherche très précis.
  • Le tri par pertinence lors de la recherche simple (Basic Search).

PubMed - point forts

  • La recherche par mots-clés (vocabulaire libre) est plus intuitive (parce qu'elle utilise un algorithme de recherche perfectionné).
  • Les nouveaux articles sont disponibles plus rapidement.
  • Gratuit, donc accessible quand on n'est plus de l'UdeM.

Pour recevoir automatiquement du contenu

Vidéo du NCBI sur la création d'alertes (en anglais).

Abonnement au fil RSS de la stratégie de recherche

Cette option vous permet d'être averti automatiquement lors de la parution de nouveaux articles répondant aux critères de la stratégie de recherche, via l'agrégateur de nouvelles de votre choix (qu'est-ce que c'est?).

Cliquez sur le lien Create RSS, sélectionnez le nombre de résultats à afficher et le nom de votre fil, puis cliquez sur Create RSS. Une fois le fil créé, cliquez sur la boîte XML et sélectionnez un outil d'agrégation (plus d'info sur le processus dans le guide Se tenir à jour).

Alerte par courriel

Pour obtenir les nouvelles références sur le sujet par courriel, cliquer plutôt sur Create Alert. Choisir Yes à la question Would you like to receive e-mail updates of new search results? et déterminer la fréquence d'envoi à laquelle vous désirez recevoir les résultats. Cette option requiert l'ouverture d'un compte MyNCBI.

Accès avec des mobiles

  • PubMed Mobile et application PubMed for Handhelds pour iOS et Android (attention: fonctions limitées, et vous n'aurez pas accès au profil UdeM).
  • Essayez aussi Unbound Medline, qui permet de cibler des résultats en pratique factuelle.
  • Vous pouvez également vous procurer des applications telles que PubMed on Tap ($) pour iPhone. (Note: Vérifiez si le support Proxy est disponible sur l'application pour ensuite pouvoir accéder aux articles).