Recherche en laboratoire

À propos de ce guide

Ce guide pointe vers des protocoles, techniques et méthodes utiles pour la recherche en laboratoire en sciences biomédicales. Il comprend aussi une section sur les manuels de laboratoire de base et suggère des ressources utiles à la vie en laboratoire.

Principales sources (périodiques, sites Web)

Current Protocols Réservé UdeM

ATTENTION: la version électronique se termine en janvier 2014   Current Protocols in Molecular Biology

La section Current Protocols -Tools comprend de nombreux utilitaires (calculateur de poids moléculaire, recettes de solutions courantes, etc.)

Methods in Enzymology Réservé UdeM

Methods in Enzymology est disponible en ligne à partir de 2006. Cette collection est indexée dans MEDLINE. La version papier est disponible en bibliothèque pour les années antérieures à 2006.

Nature Protocols Réservé UdeM

Vous pouvez chercher dans tous les numéros de Nature Protocols grâce à la boîte SEARCH - This journal. Le site propose également d'autres ressources, dont des tutoriels vidéo, le Protocol Exchange, les techniques de Nature Methods et des recettes de réactifs.

Nucleic Acids Research Methods

Nucleic Acids Research Methods rassemble tous les protocoles parus dans le périodique depuis 1999, classés en une trentaine de catégories.

Cold Spring Harbor Protocols

Nous ne sommes pas abonnés à cette ressource, mais plusieurs protocoles sont gratuits.

Springer Protocols

  • L'UdeM n'est abonnée qu'à la section Bio-informatique de cette base de données.  Cependant, une grande partie de son contenu provient des livres de la collection Methods in Molecular Biology. Vous pouvez ainsi effectuer une recherche dans la base puis vérifier dans la notice (abstract) si le protocole provient d'un livre de la série. Atrium vous permettra ensuite de vérifier si nous avons ce volume en bibliothèque.
  • Certains protocoles sont en accès libre.

Sites Web

Les sites Web suivants proposent des protocoles, parfois une application mobile aussi. Lisez bien les conditions d'utilisation!

Autres périodiques électroniques d'intérêt

Collections de protocoles

Les volumes des collections suivantes regroupent une série d’articles portant sur une thématique particulière. On peut souvent y retrouver des protocoles qui fournissent des instructions étape par étape, des trucs et du dépannage en cas d’insuccès.  

Cliquez sur le nom d’une collection de protocoles pour voir les titres des volumes de la collection qui sont disponibles dans les Bibliothèques de l'UdeM. La plupart sont en version imprimée.

Recherche de protocoles chez l'éditeur Elsevier

L'application Methods Search, à ajouter à votre compte personnel, permet d'afficher des résultats limités à la section "Matériel et méthodes" des articles publiés chez l'éditeur Elsevier.

Suggestions de lecture

Handbook of Practical Program Evaluation
Aperçu dans Google livres
Aperçu dans Google livres

Recherche de protocoles dans PubMed

Journal of Visualized Experiments - JoVE (General)

JoVE

JoVE est une ressource hybride diffusant des vidéos d’expériences de laboratoire dont le contenu a été soumis à un processus de révision par les pairs. L'UdeM est abonnée à la section General, un corpus de référence multidisciplinaire qui inclut des techniques et protocoles issus de la recherche en biologie, médecine, chimie et physique.

Les vidéos sont indexés dans PubMed. Les scénarios des vidéos provenant de l'ensemble des sections de JoVE sont disponibles dans PubMed Central; à noter qu'un embargo de 24 mois s'applique pour plusieurs vidéos.

Outils d'analyse d'ADN et de protéines

  • Galaxy (Center for Comparative Genomics and Bioinformatics)
    Suite d'outils d'analyse qui vous permet d'intégrer des données provenant de diverses sources.
  • FancyGene est un outil convivial et rapide pour représenter graphiquement des gènes. Voir le tutoriel.

Ouvrages généraux recommandés

Notre collection comprend de nombreux ouvrages qui vous seront utiles pour la réalisation de vos expériences de laboratoire. En voici une sélection.

Biologie moléculaire: concepts, techniques, applications Support papier

Un document québécois de qualité. Chaque chapitre théorique comprend des protocoles et des exercices.

Essential Guide to Reading Biomedical Papers : Recognising and Interpreting Best Practice Réservé UdeM

Les bonnes pratiques en laboratoire, des témoins essentiels aux problèmes d'interprétation des résultats, pour produire de la science de qualité.

Basic Laboratory Methods
for Biotechnology Support papier

Un ouvrage de référence qui comporte entre autres des chapitres sur l’assurance qualité, la sécurité en laboratoire, les notions mathématiques de base, la préparation de solutions, les méthodes de séparation et l’utilisation des ordinateurs en laboratoire. Plusieurs exercices pratiques.

Méthodologie expérimentale: suggestions

Quantitative Methods for Health Research: a Practical Interactive Guide to Epidemiology and Statistics Réservé UdeM 

Quantitative methods for health research

Understanding Clinical Research Réservé UdeM 

Understanding Clinical Research

The Design and Statistical Analysis of Animal Experiments Support papier

The design and statistical analysis of animal experiments

Calculs et statistiques

Calculations for Molecular Biology and Biotechnology Réservé UdeM 

 Calculations for Molecular Biology and Biotechnology

Basic & Clinical Biostatistics Réservé UdeM 

Basic and Clinical Biostatistics

Culture cellulaire et modèles animaux

Sur le Web

Culture of Animal Cells Réservé UdeM

Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique and Specialized Applications, Sixth Edition

Bible de la culture cellulaire, incluant des protocoles, des exercices et un atlas en couleurs.

Laboratory Animal Anaesthesia Réservé UdeM

Laboratory Animal Anaesthesia

Le livre de chevet pour la biologie moléculaire

Molecular Cloning: A Laboratory Manual est un classique dont la réputation n'est plus à faire. Protocoles détaillés et complets pour toutes les techniques de clonage, et qui s'adressent tant aux novices qu'aux chercheurs expérimentés. Version imprimée en 3 volumes.

 Molecular cloning : a laboratory manual

Méthodologie expérimentale: par discipline

Les recherches suivantes son programmées dans Atrium:

SAGE Research Methods rassemble une collection de dictionnaires, encyclopédies, manuels et articles en texte intégral sur la méthodologie de recherche. La recherche avancée se fait par mot-clé, méthode utilisée, auteur ou titre. Ouvrages en anglais seulement.

Outils de collaboration et profil de chercheur

Où se trouvent les chercheurs qui ont les mêmes intérêts que vous? Repérez-les grâce à leurs publications via des outils de collaboration gratuits. Et créez votre propre carte de visite!

  • ResearcherID (Thomson Reuters)
    Créez votre profil de chercheur en cherchant vos publications dans Web of Knowledge et/ou en important votre bibliographie depuis EndNote. Affiche votre nombre de citations et des cartes interactives. Possibilité d'intégration avec ORCID, le registre des auteurs.

Pour les chercheurs de l'UdeM

Consultez le Site pour les chercheurs du Bureau Recherche – Développement – Valorisation (BRDV) pour trouver réponses à vos questions sur:

Guides complémentaires

Club de lecture

La formule gagnante

Deenadayalan Y, Grimmer-Somers K, Prior M, Kumar S. How to run an effective journal club: a systematic review. J Eval Clin Pract. 2008;14(5):898-911.

Cet article identifie plusieurs facteurs de succès pour les rencontres de discussion d’articles (journal clubs), comme une fréquence régulière et l’obligation d’y participer.

Gestion des processus (workflows)

Les ressources suivantes sont particulièrement utiles en bio-informatique.

  • L'environnement de recherche virtuel myExperiment vous permet de créer des processus scientifiques, fort utiles pour schématiser vos protocoles de recherche, et que vous pouvez partager avec des collaborateurs.
  • Taverna est une suite logicielle en libre accès qui permet d'automatiser la gestion de données provenant de plusieurs sources. Intégration possible avec d'autres systèmes de gestion de données, tels myExperiment et BioMart.

Automatisation de BLASTp multiples Automatisation de BLASTp multiples sur des longues listes de protéines, réalisée avec myExperiment par K. Lightgow.

Diriger un laboratoire

At the Helm: Leading your Laboratory Version imprimée

At the Helm: Leading Your Laboratory

Une mine d'informations pour les directeurs de laboratoires, qui présente comment gérer avec succès le personnel, le temps et les responsabilités institutionnelles.

Réseaux sociaux

Envie de diffuser vos réalisations? Le guide Social Media for Researchers (U. Linköping) vous présente les différentes options qui s'offrent à vous, de même que des exemples concrets.

Sites de discussion

Faites profiter le monde de votre expertise ou trouvez une réponse à votre question!

Cahiers de laboratoire virtuels

Plusieurs plateformes, dont LabArchives, LabGuru, Hivebench et Quartzy, sont disponibles pour intégrer idées, observations, mesures, résultats et fichiers d'instruments de labo en un seul endroit. Une version personnelle est souvent gratuite avec inscription; plus d'options sont offertes dans une version de groupe payante. Lorsque disponible, l'association d'un DOI avec vos ensembles de données est un plus. Lisez attentivement les conditions d'utilisation!

Cahiers de laboratoire

Le cahier de laboratoire est indispensable dans plusieurs disciplines scientifiques pour noter, de façon chronologique et permanente, la méthodologie de recherche, les calculs et les résultats. Bien le rédiger favorisera la traçabilité, la publication et le partage des données de recherche.

Gestion des données de recherche

  • Quelles sont les exigences des organismes subventionnaires?
  • Y a-t-il des modèles de bons plans de gestion et des outils pour m’aider à en développer?
  • Où puis-je déposer mes données si je souhaite les rendre disponibles à d’autres chercheurs?

Le guide Gestion des données de recherche présente des informations pratiques, des outils et des modèles pour appuyer le travail d’organisation, de sauvegarde et de partage des données de recherche.

Gestion des données numériques

Image: Jørgen Stamp, Digitalbevaring.dk

Suggestions de lecture

Chercheur au quotidien
Aperçu dans Google livres
Aperçu dans Google livres

Science Ink : Tattoos of the Science Obsessed
Aperçu dans Google livres
Aperçu dans Google livres

Les études de doctorat... en BD

You do allow embedded content.

Les hauts et les bas des études de doctorat, en bandes dessinées. Abonnez-vous au fil RSS pour obtenir votre dose régulière d’humour! Vous vous sentirez moins seul pendant les longues heures au labo… Les recueils sont aussi disponibles à la Bibliothèque de la santé.

Voir aussi les dessins humoristiques de Biocomicals, Pedromics, xkcd et The Journal of Cartoon Neuroscience.

Biographies de scientifiques

Carrières en sciences de la vie

Vous songez à entreprendre une carrière de recherche en laboratoire? Ou encore, après un passage en labo, vous songez à réorienter votre parcours?

  • La Bio-Coalition organise des régulièrement des soirées d'information sur les carrières et les études supérieures en recherche biomédicale.
  • Consultez le tutoriel Guide to Life Science Careers du portail Scitable (Nature Education) pour évaluer vos options de carrières en sciences de la vie. Nombreuses entrevues de professionnels. (Ajoutez-y la profession de bibliothécaire :D)

Une journée au labo

Préparé par les étudiants de l'Institut de recherches cliniques de Montréal (IRCM).

Voir aussi les profils d'étudiants  et le blogue de l'Institut de recherche en immunologie et cancérologie (IRIC).